Um quarto de toda a despesa do município de Jundiaí, ou seja, R$ 506,4 milhões, foi destinado para a saúde, em 2018. Parte desse valor tem origem em transferências da União e do Estado para o  custeio do SUS, sistema que exige a participação de todos os níveis de governo no financiamento de suas ações. Assim, da despesa total de Jundiaí com saúde, cerca de 25% vieram da União e do Estado de São Paulo e, a maior fatia, de 75%, foi suportada com recursos próprios do município.

A Constituição Federal (EC 29/2000) exige que os municípios destinem, no mínimo, 15% das receitas de impostos para a saúde, inclusive daquelas oriundas de transferências cuja base é a arrecadação de impostos. Em 2018, Jundiaí destinou à área o percentual de 25,69%, portanto bastante acima do limite mínimo exigido.

A rede municipal de saúde conta atualmente com 35 Unidades Básicas de Saúde (UBS), 10 Unidades de Atenção Especializada e sete postos integrantes da Rede de Urgência e Emergência. Em 2018, foram efetuados 1,7 milhão de exames, 505 mil atendimentos nas UBS e 229 mil atendimentos especializados.