A administração pública dos municípios brasileiros é responsabilidade dos poderes Executivo e Legislativo. O Poder Legislativo é exercido pela Câmara Municipal, cujas funções são acompanhar, fiscalizar e regular os atos do Executivo, assim como propor e aprovar leis de interesse da cidade.

Ao Poder Executivo compete a prestação dos serviços propriamente dita. Ele é composto pelas administrações direta e indireta. A primeira, sob a responsabilidade da Prefeitura, é integrada pelo gabinete do prefeito e pelas Unidades de Gestão. Já a administração indireta em Jundiaí é formada por oito entidades, conforme mostra o infográfico abaixo. Além delas, existem duas empresas de sociedade de economia mista na qual a Prefeitura detém a participação majoritária nas ações. São elas a Companhia de Informática de Jundiaí S/A (Cijun) e a DAE S/A – Água e Esgoto.